在电影《蝙蝠侠大战超人：正义黎明》中，超人的死因如下：

战斗过程：

超人在与毁灭日的战斗中，用氪矛刺中了毁灭日的心脏。

毁灭日的反击：

在毁灭日临死前，它将骨刺深深地扎进了超人的胸膛。

氪石的影响：

由于超人距离氪石太近，他变得非常虚弱，最终因此死亡。

因此，超人的死因是在与毁灭日的激战中，被毁灭日的骨刺刺中胸膛，并且由于氪石的影响而虚弱不堪，最终导致死亡。