佩恩在《火影忍者》中最终是被 鸣人杀死的。在与鸣人的决战中，佩恩的六道能力（天道、人道、修罗道、畜生道、地狱道、饿鬼道）都被鸣人一一消灭，最终天道被鸣人使用“仙法·螺旋手里剑”配合“神罗天征”互相抵消，在5秒内，周围的岩石变回鸣人的分身（鸣人事先藏好的），捉住天道，鸣人最后一个螺旋丸杀死了天道。

因此，佩恩的死因是与鸣人的激烈战斗，最终被鸣人杀死。