毕忠良的死因主要与两次刺杀行动有关：

第一次受伤：

在围剿赤匪的战役中，毕忠良被一块炸弹的弹片击中，差点丧命。这次受伤后，陈深救了他，并将他送往医院。

第二次致命伤：

在原著小说《麻雀》中，毕忠良在戏院金蝉脱壳后，被徐碧城扔进车里的炸弹炸死。炸弹上甚至带有毒药，即使他逃过了爆炸，最终也会被毒药所侵蚀，慢慢折磨致死。电视剧中，毕忠良则是为了挡下狙击手暗杀陈深的一枪，正中心脏而死去。

因此，毕忠良最终是被炸弹炸死的，具体情节可能因版本不同而有所差异。