学校的主管部门根据学校类型和管理层级不同而有所区分，具体如下：

一、中央层面

教育部：中国最高教育行政管理部门，负责全国教育政策规划、制定与实施，指导地方教育行政部门工作，管理直属高校（如985工程、211工程院校）。

二、地方层面

省级教育行政部门

各省、自治区、直辖市设立教育厅或教育局，负责落实中央教育政策，管理本地区教育事务，包括学校业务指导、教师调配、教育质量评估等。

市县级教育行政部门

市县一级通常设教育局或教体局，具体负责学校日常运营、教学管理、学生事务及教师培训等执行性工作。

三、特殊类型学校

部属高校：

如中国人民解放军国防科技大学等中央军委主管的院校，其主管部门为中央军委直属的教育部。

其他特殊机构：如厂矿企业举办的学校，可能由地方政府教育部门或企业自身管理。

四、学校内部管理主体

校长及教职工：负责学校日常教学、管理及运营工作，执行教育行政部门政策。

总结

教育主管部门的层级结构呈现“中央-地方-学校”三级管理体系，其中教育部为最高层级，地方教育行政部门为执行层，学校则通过校长及教职工实现具体管理。不同类型学校（如普通中小学与高校）可能因管理权限差异存在特殊划分。